Gebauer Ernő 1882. január 17-én született Hartbergben, Ausztriában osztrák apa és magyar anya gyermekeként. Édesapja, Gebauer Gusztáv erdőmérnök ősei között több kiváló művész volt a festészet és a zene területén. Édesanyja, Siebenlist Mária nagyváradi születésű volt, Szegeden nevelkedett.

Gebauer Ernő még Grazban lett kisiskolás, majd Pécsett tanult. Az érettségi vizsgát a királyi főreáliskolában (a mai Széchenyi Gimnáziumban) tette le 1901-ben. Ezt követően Budapesten tanult, az Országos M. Kir. Mintarajziskola és Rajztanárképző növendékeként. A rajztanári képesítés megszerzését követően négy évig a Képzőművészeti Főiskola továbbképző művésznövendéke volt Székely Bertalan tanítványaként. Mint festőnövendék többször vett részt olaszországi tanulmányúton, a mesteriskola befejezését követően is egy évet tartózkodott Itáliában.

Székely Bertalan tanítványának, kompozíciós érzékét igen nagyra értékelte. A mester meglátása végigkísérte Gebauer Ernő egész életét, freskók és seccók sokaságát alkotta: összesen négyezer négyzetméter falfelületet festett meg. Első alkotása a pécsi Xavér templom oltárképe volt, ezt még rajztanárnövendék korában kezdte el.

Pécsre visszatérését követően igen izgalmas feladat várt rá: az Apolló mozi falfestményeit készítette 1911-12-ben. (A másik két később épült pécsi mozi seccói is tőle származnak: 1921-ben a Park mozié, 1936-ban pedig az Uránia mozié.)

1911-től sorra következtek a templomi faliképek: freskók, seccók – a saját összeállítású jegyzéke alapján összesen 57 templomban látni a keze munkáját.

Utolsó templomi faliképe 1961-ben készült Kátolyban, azaz 79 évesen is állványokon, létrán alkotott.

1952-ben festette a pécsi „Nagycsemege” faliképeit, majd 1955-ben a Nagy Lajos Gimnázium diákságának ajándékként az első emeleti háromrészes freskót. Ezt követően készült el a Zrínyi freskó, a pécsi közgazdasági technikumban.

A faliképeken kívül a hagyományos festőművészi alkotások is sorra kerültek ki a keze alól. Több mint ötvenéves munkássága alatt portrék, városképek, tájképek készültek, valamint festett életjelenetet vásári forgatagról, külszíni bányajelenetről, viharról.

Az 1960-ban született Az Apokalipszis lovasai című alkotása a Magyar Nemzeti Galéria tulajdonában van. A Szépművészeti Múzeum az új magyar képtár számára vásárolta meg egy havas pécsi tájképét. A Janus Pannonius Múzeum tulajdonában is van több alkotása.

A grafikai munkássága is szerteágazó volt: tervezett ex libriseket, bélyegeket, könyvborítókat (például bátyja feleségének, Mollináry Gizella írónőnek több könyvéhez), illusztrált pécsi könyveket, egyházi kiadványokat. Az 1925-ös genfi eszperantó világkongresszuson részt vett, az erre az alkalomra általa készített eszperantó képeslapok bejárták az egész világot.

A festészet mellett oktatott is. Bár hivatásos pedagógus nem kívánt lenni, életét mégis végigkísérték a tanítványok: 1919-től működtetett festő- és rajziskolát, s még az ötvenes évek végén is számos pécsi fiatal hozzá járt tanulni. Volt, hogy egyszerre három festőiskolát vitt: a városit, a szabolcsi bányászokét és a vasutas festőiskolát.

Felesége norvég volt. Ingeborg miatta vállalta a nélkülözést: ugyanis Gebauer Ernő nagy szegénységben élt – sokat dolgozott, de kevés pénzért. „A végtelen szerénység jellemezte. Egy ennyire hiúság nélküli emberrel még soha nem találkoztam.” – vallott Gebauer Ernőről halála után a felesége.

Gebauer Ernő élete összeforrt szeretett városával, Péccsel. A város köztiszteletben álló polgára volt: festőművészi munkája, művészetszervező tevékenysége, oktatói munkája mellett kedves és szerény személye tette népszerűvé. Életében csak három egyesületnek volt tagja: a Mecsekért Egyesületnek, az Állatvédő Egyesületnek és a Pécsi Művészkörnek – természet, állatok, művészet töltötte ki az életét.

1962. március 24-én, 80 évesen hunyt el Pécsen.